Zubiri nació en San Sebastián el 4 de diciembre de 1898. Según cuenta su viuda, Carmen Castro, el médico que atendió el alumbramiento diagnosticó que gracias a Dios no viviría, ya que de hacerlo se quedaría tonto. Una muestra de que hace cien años muchos galenos ya poseían lo que se ha dado en llamar ojo clínico.Hasta los seis años la lengua de Zubiri fue el vasco o euskera, lo que al decir de Carmen Castro le facilitaría el aprendizaje de la lengua sumeria. A los 17 años ingresa en el Seminario de Madrid, conociendo así a uno de los profesores que más le enseñó en el campo de la filosofía en sus primeros años, Juan Zaragüeta. En 1919 conoce a Ortega y Gasset, el cual dirigirá su tesis doctoral presentada en la Universidad de Madrid en 1921. En 1920 se licencia en filosofía en el Instituto Superior de filosofía de la Universidad de Lovaina. Ese mismo año consigue el doctorado en Teología en Roma. En 1921 se doctora en Filosofía por la Universidad Central de Madrid. Ese mismo año, en septiembre, se ordena diácono, afincándose en Madrid. En la Universidad madrileña gana la cátedra de Filosofía en año 1926. Entre los años 1928-1930 disfruta de un permiso de estudios que le lleva a Friburgo, donde estudia con Husserl y Heidegger, y también a Berlín, donde asiste a los cursos de Nicolai Hartmann, y conoce a Einstein, Schrödinger, Max Planck y Werner Jaeger. Conoce en Berlín a Carmen Castro, cuando ella sólo contaba con 18 años. Entre 1931 y 1935 ejerce en su cátedra de Madrid. En 1936 se casa con Carmen en Roma, tras un proceso eclesiástico para alcanzar el estado laical. En Roma tiene oportunidad de estudiar lenguas del antiguo oriente con el sumeriólogo A. Deimel.
Al estallar la guerra civil en España, Zubiri es vigilado en Roma por la embajada franquista, al parecer por ser vasco y profesor universitario, cosas que ya por separado eran motivo de sospecha para el régimen. Dada la incomodidad y las presiones existentes en Roma, se traslada junto a su mujer a París, viviendo en el Colegio de España de la Ciudad Universitaria. En París tiene ocasión de trabajar con Luis De Broglie en el campo de la física y con Benveniste en el de la filología. Frecuenta también al filósofo Maritain. Al acabar la guerra civil vuelve a España, aceptando la cátedra de filosofía en la Universidad de Barcelona, al parecer porque querían alejarlo de Madrid, pero rechazando el decanato que le ofrecieron. Ejerce en Barcelona durante los años 1940-1942, pues en este último año solicitó una excedencia sine die, una renuncia velada dadas las presiones del régimen. Toda su andadura filosófica hasta el año 1944 es denominada por Zubiri su etapa fenomenológica y se recoge en el libro Naturaleza, Historia, Dios como una recopilación de artículos. A partir de este momento comienza lo que él denominaba su etapa metafísica, es decir, su etapa de madurez, en la que aparecerán sus libros más originales, marcando un hito el primero de ellos, Sobre la Esencia, de 1962. En el año 1945 comienzan los cursos privados que ofrece Zubiri ya fuera del ámbito universitario. Estos cursos durarán hasta el año 1976, con una interrupción entre 1954 y 1959. A partir de 1977 Zubiri se consagró a preparar su obra escrita, que hasta ese momento constaba de muy pocas obras, si exceptuamos los artículos. Participó, eso sí, intensamente en el Seminario Zubiri, creado en 1971.
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